خسارت بیماری خال سیاه گوجه فرنگی به ۷۰ درصد می رسد.

علائم بیماری خال سیاه بر روی میوه های رسیده، به صورت لكه های دایره شكل فرورفته ظاهر می شود كه با توسعه بیماری قطر لكه ها به ۵/۱ سانتیمتر می رسد. و لایه زیرپوست نیز سفیدرنگ شده و بافت مركزی آن سیاه رنگ می شود. بعد از مدتی بافت میوه نرم و آبكی می شود و پس از مدتی پوسیدگی پیدا می كند.
این بیماری كه توسط نوعی قارچ ایجاد می شود، در صورت ابتلای ریشه، باعث ریزش ریشه های فرعی در بوته های آلوده می شود.
براساس تحقیقات انجام شده، استفاده از بذور سالم، استریل نمودن خاك زراعی و رعایت تناوب زراعی توصیه شده است.
همچنین توصیه شده است كه برای رعایت تناوب زراعی حداقل تا ۳ سال از كاشت گیاه گوجه فرنگی و سایر گیاهان حساس باید جلوگیری شود.
استفاده از سموم شیمیایی چون كلروتانیل، مانكوزب و مانب از روشهای شیمیایی مبارزه با این بیماری بوده و باید سعی شود سموم مازنكوزب و مانب را به دلیل اثرات سوئی كه باقیمانده آن بر سلامت انسان می گذارد، زیرنظر كارشناسان زراعت استفاده كرد.