همزمان با آغاز فاز سوم برنامه پزشک خانواده (نسخه ۰۳)، نام چند شهر که قرار بود مجری این طرح باشند هدف حملات اخیر قرار گرفت؛ اتفاقی که پرسشهایی درباره سرنوشت اجرای برنامه در این مناطق ایجاد کرده است. با وجود گمانهزنیها، تاکنون هیچ اطلاعیه رسمی از سوی وزارت بهداشت یا سازمان بیمه سلامت درباره توقف یا تعویق اجرای پزشک خانواده در این شهرها منتشر نشده و آخرین مواضع مسئولان بر ادامه اجرای مرحلهای این برنامه تأکید دارد.