طبق ماده اصلاحی ۱۴، عطف به ماده ۵۶ قانون اساسی و صلاحیت دادگاههای ایران و دادگستری تهران در موارد زیر دارای صلاحیت رسیدگی به شکایات موضوع این قانون مطابق با قوانین جمهوری اسلامی ایران هستند.
۱- جنایات در قلمرو حاکمیت زمینی دریایی و هوایی جمهوری اسلامی ایران
۲- جنایت که علیه امنیت ملی تمامیت ارضی استقلال و منافع ملی جمهوری اسلامی ایران واقع شده باشد
۳- جنایت توسط اتباع ایرانی و یا علیه آنان و یا داراییهای آنان ارتکاب یافته باشد.
۴- عامر و مرتکب در ایران حضور داشته باشد و یا دستگیر شده باشد و به ایران مسترد شده باشد
تبصره ۱- در غیر موارد مذکور در این ماده در صورت پیشنهاد دادستان و پس از تصویب در شورای عالی امنیت ملی رسیدگی به پرونده در دادگاههای ایران انجام میشود.
تبصره ۲- در صورتی که آمر و مرتکب بهسبب هر یک از رفتارهای مجرمانه موضوع این قانون در دادگاه صالح خارجی محاکمه و حکم قطعی صادر شده باشد، تعقیب مجدد در دادگاههای ایران ممنوع است، مگر آنکه رسیدگی انجامشده بهطور واقعی و مؤثر صورت نگرفته باشد یا حکم صادره صوری بوده و عدالت کیفری را تأمین ننموده باشد یا مجازات صادره با مجازاتهای این قانون متناسب نباشد. چنانچه در مواردی که حکم قطعی در مورد آمر و مرتکب اجرا شده باشد، به میزان مجازات اجراشده در حکم مرجع قضایی صالح داخلی احتساب خواهد شد.
تبصره ۳- در راستای مطالبه انواع خسارات و طرح دعاوی کیفری در هر وضعیت امکان طرح دعاوی گروهی وجود دارد
تبصره ۴- در مورد تحقق جنایات این قانون در صورت ورود به رسیدگی کیفری مطالبه خسارت قانون صلاحیت دادگستری جمهوری اسلامی ایران برای رسیدگی به دعاوی مدنی علیه دولتهای خارجی مستلزم اقدام متقابل نیست.
همچنین بر اساس ماده ۳، ارتکاب هر یک از رفتارهای زیر به اعتبار هویت گروه یا عضویت در گروه، بهقصد نابود کردن تمام یا بخشی از اعضای یک گروه ملی، قومی، نژادی یا مذهبی نسلزدایی محسوب میشود و مرتکب و آمر در مورد بند (۱) این ماده، به مجازات حبس و جزای نقدی درجه یک و در مورد سایر بندها، به مجازات حبس و جزای نقدی درجه دو محکوم میشوند:۱- قتل اعضای گروه.۲- وارد کردن آسیب شدید جسمی یا روانی به اعضای گروه.۳- تحمیل عمدی شرایط دشوار بر زندگی اعضای گروه.۴- جلوگیری از زاد و ولد.۵- انتقال اجباری افراد زیر هجده سال شمسی از آن گروه به گروهی دیگر.
همچنین بر اساس ماده ۶، مرتکب و آمر جنایت جنگی، حسب مورد به مجازاتهای زیر محکوم میشوند:
الف- در مخاصمات مسلحانه بینالمللی، موضوع بند (الف) ماده (۵) این قانون:۱- در مورد بندهای (۱) تا (۱۵)، به حبس و جزای نقدی درجه یک.۲- در مورد بندهای (۱۶) تا (۲۱)، به حبس و جزای نقدی درجه دو.۳- در مورد بندهای (۲۲) تا (۲۶)، به حبس و جزای نقدی درجه سه.۴- در مورد بندهای (۲۷) تا (۳۲)، به حبس و جزای نقدی درجه چهار.ب- در مخاصمات مسلحانه غیربینالمللی، موضوع قسمت (ب) ماده (۵) این قانون:۱- در مورد بند (۱)، حسب مورد به همان مجازات مقرر در مخاصمات مسلحانه بینالمللی.۲- در مورد بند (۲)، به مجازات حبس و جزای نقدی درجه یک.۳- در مورد بند (۳)، به مجازات حبس و جزای نقدی درجه دو.تبصره- چنانچه فرمانده یا آمر با کسی که توانایی کنترل نیروهای تحت امر خود را دارد، مرتکب جنایت موضوع ماده (۵) این قانون شود؛ به حداکثر مجازات محکوم میشود.
