به گزارش خبرنگار جماران، دوره اول ریاست جمهوری آیت الله العظمی سید علی خامنه ای در حالی رقم خورد که کشور نه تنها درگیر جنگ بود که ترور شخصیت های نظام جمهوری اسلامی و مردم کوچه و خیابان نیز در دستور کار ضد انقلاب و منافقان قرار گرفته بود. آنها به حکم دادگاه خود هر کسی را که حزب اللهی بود می زدند. برایشان کوچک و بزرگ هم نداشت. بمب گذاری در مکان های عمومی و شلوغ جمع زیادی از مردم تهران را به شهادت رساند. در ادامه بمب گذاری ها پس از جریان به شهادت رساندن دکتر سید محمد بهشتی و یاران با وفای انقلاب، کار به ترور رئیس جمهور و نخست وزیر کشید و یک باره دو رکن اساسی اجرایی کشور به شهادت رسیدند با این فرض که نظام را به زانو در آورند اما با تدبیر، انتخابات به سرعت برگزار شد و آیت الله خامنه ای به ریاست جمهوری انتخاب شدند. در سیزدهم شهریور ماه سال 64 مطابق با عید غدیر، دومین حکم ریاست جمهوری ایشان به وسیله امام خمینی (س) تنفیذ شد. در بخشی از پیام امام به سابقه درخشان رئیس جمهور اشاره شده و نوشته اند:
«ملت متعهد، با عزمی والا و قدمی ثابت، از پیر نودساله تا نوجوان تازه بالغ، برای چهارمین بار برای تعیین سرنوشت خویش به سوی صندوقهای رأی هجوم آورد و یاوه گویان و خیالبافان را بر خود لرزاند و فردی شریف از سلالۀ پیامبران را برای خدمت به اسلام و ایران و مسلمانان و ملت برگزید و این مسئولیت سنگین را بر عهدۀ کسی گذاشت که چهار سال در این مقام، صادقانه و با تعهد و روشن بینی به ملت و اسلام و ایران خدمت نمود؛ و این، پس از خدماتی بود که قبل و بعد از انقلاب انجام داده بود. «جَزاهُ الله ُ خَیراً».»
متن کامل حکم امام به شرح زیر است:
«بسم الله الرحمن الرحیم …
