در دهه۱۹۸۰، بهدلیل فعالیتهای نظامی علیه اسرائیل، یحیی سنوار ازسوی نیروهای اسرائیلی دستگیر و در سال۱۹۸۸ به حبس ابد محکوم شد. وی در دوران زندان به یکی از رهبران زندانیان فلسطینی تبدیل شد و نقش کلیدی در سازماندهی فعالیتهای آنها ایفا کرد. در این دوران، سنوار به یادگیری و تدریس علوم اسلامی و همچنین ترویج مقاومت پرداخت.