انتقادات زیادی به باز و بسته شدن زایندهرود به صورت فعلی وارد است. فعالان محیط زیست و کارشناسان میگویند این باز و بسته شدن نه تنها جای خوشحالی ندارد، بلکه ضررهای زیادی به اصفهان میرساند. آنها یک صدا میگویند باید فکری اساسی کرد تا زایندهرود همیشه جاری بماند.