سقف شبستان اصلی گنبدی شکل است و بام کروی و بلند آن که از همه جای اصفهان دیده میشود نما و پوشش بیرونی این گنبد شبستان است (گنبدِ دوپوش). گنبد بیرونی به طرزی هنرمندانه با کاشیهایی با زمینه آبی آسمانی و نقش اسلیمی به رنگهای آبی تند و سبز پوشیده شده است در شبستان بزرگ مسجد جای محراب گودیای در دیواری که سوی کعبه، است که مسلمانان به هنگام نماز خواندن رو به آن سو میایستند - دیده میشود.