دانشمندان، دیوارنوشتههای باستانی اتاق شام آخر مسیح را رمزگشایی کردند
پس از فتح عثمانی در سال ۱۵۲۳، راهبان فرانسیسکن از اتاق شام آخر اخراج شدند و این مکان تا سال ۱۹۴۸ در کنترل مسلمانان باقی ماند. نشانههای بهجامانده از این دوران، لایهای دیگر به تاریخ مذهبی و سیاسی این مکان افزودهاند.