فداحسین مالکی نماینده مجلس دوازدهم و عضو کمیسیون امنیت ملی مجلس درباره وجود اختلاف در دولت سیزدهم میان رئیس دولت و برخی اعضای کابینه اشاره کرده و به دیده بان ایران گفت: «در دولت سیزدهم اختلافات را ما دیدیم. من خودم بارها با آیتالله رئیسی صحبت میکردیم در مورد مباحث اقتصادی یا موضوعات سیاست خارجه؛ این اختلاف نظرها بود. یعنی فاصله بین عملکرد و دیدگاه شخص آقای رئیسی با دولت زیاد بود. این معمولا خطرناک است»