سال ۱۳۸۴ با آغاز فرایند انتخابات نهم ریاست جمهوری، وقتی قالیباف عزم ریاست جمهوری کرد، به طور موقت از فرماندهی انتظامی کشور کنار رفت و عبداللهی چند ماه سرپرست ناجا بود. پس از انتخابات هم که قالیباف از فرماندهی ناجا کلا استعفا داد، تا انتصاب فرمانده جدید او عهدهدار فرماندهی ناجا بود.