کمبود B۱۲ میتواند منجر به عوارض عصبی از جمله سردرد شود. در واقع سردرد یکی از شایعترین علائم گزارش شده مربوط به کمبود B۱۲ در بزرگسالان و کودکان است. برخی از مطالعات نشان دادهاند که تجربه انواع خاصی از سردردها، به احتمال زیاد با سطح پایین B۱۲ در ارتباط است.