محمد باقری ابتدا به عنوان یک نیروی عملیاتی ساده کار خود را آغاز کرد، اما استعداد تحلیلی و دقت نظر او سبب شد تا به سرعت وارد بخش «اطلاعات و عملیات» شود؛ حوزهای که تحت نظارت مستقیم برادرش حسن باقری اداره میشد. شهادت حسن باقری در بهمن ۱۳۶۱ در منطقه فکه، نه تنها او را منزوی نکرد، بلکه مسوولیتهای سنگینتری را بر دوش محمدِ جوان گذاشت.