برخی منابع نقطه آغاز این تصفیه را نه اعتراضات سال ۱۴۰۱ بلکه شهریور ۱۴۰۰ اعلام میکنند. اما این روند از پاییز ۱۴۰۱ سیر صعودی به خود گرفت. موجی از اخراج روسای دانشگاهها و تغییر آنها با نگاه سیاسی شروع شده بود، ابتدا به اساتید و در جریان اعتراضات همزمان به اساتید و دانشجویان رسید. در آبان ۱۴۰۱ شیوهنامهای انضباطی برای کنترل دانشگاه در وزارتخانههای بهداشت و علوم به تصویب رسید که دست دانشگاههای تغییر حالت یافته در دولت سیزدهم را برای برخورد با دانشجویان باز میگذاشت.