یکی از چالشهای حوزه مالیاتی در ایران، وجود حجم بالایی از معافیتهای مالیاتی است که البته این به جز فرار مالیاتی و موارد دیگر است و درواقع این یک معافیت آگاهانه از جانب دولت بوده که به بخشهای مختلف اقتصادی کشور مانند اشخاص، شرکتها و... اختصاص داده شده است.