بزرگترین اشتباه در تحریف شخصیت نائینی، نادیده گرفتن روح «اجتهاد بهروز» اوست. نائینی در عصری که هنوز مباحث مربوط به تفکیک قوا و ساختارهای نوین حکومتی در میان عالمان به صورت مدون مطرح نبود، با شجاعتی کمنظیر، مبانی فقهی حکومت را در قالب «تنبیه الامه» پیریزی کرد.