روابط اسرائیل و اندونزی از ابتدا در سایه مسائل سیاسی و مذهبی قرار داشته است. اندونزی بهطور رسمی روابط دیپلماتیک با اسرائیل ندارد و همواره در سیاستهای خود حمایت از فلسطین را در اولویت قرار داده است. این روند از دوران سوکارنو آغاز شد؛ رهبری که سیاستی ضداستعمار و ضداسرائیلی داشت و همبستگی خود را با کشورهای عربی و مسلمانان فلسطینی ابراز میکرد.