موزه فرش یکی از موزههای کشور محسوب میشود که از عدم مدیریت و تصمیمات نابهنگام مسئولان وقت در دولت نهم و دهم دچار مشکلات عدیده شد. درواقع بزرگترین آسیبی که بهدلیل تصمیمات غلط و نابهنگام مسئولان وقت بر این موزه وارد شد تغییر ساختار موزه از ستادی به استانی بود. درواقع پس از این تصمیمگیری ناگهانی بود که تعداد کارشناسان موزه فرش از ۱۷ نفر به ۳ نفر تقلیل یافت و چارت سازمانی و بودجه و اعتبارات مصوب و مشخص خود را برای همیشه از دست داد.