حوضه آبریز زایندهرود در دو دهه اخیر با چالشهای جدی ناشی از افزایش مصرف آب مواجه بوده است. توسعه بیرویه کشاورزی در بالادست حوضه در هر دو استان اصفهان و چهارمحال و بختیاری، رشد جمعیت، انتقال آب به حوضههای مجاور و گسترش صنایع فشار زیادی بر منابع آبی این حوضه وارد کرده است.