همواره اختلافی بین دانشگاهها، یعنی اداره کنندگان دانشگاهها، رییس دانشگاه، معاونینش، استادها، بعضی اوقات دانشجوها با نهادهای بیرونی بوده است بدین معنا که چه در دانشگاههای داخلی و چه در دانشگاهها خارجی مسئله استقلال دانشگاه از محیط بیرونی، یک کلان مسئلۀ در جریان است.