مهمترین چالشهای بهرهبرداری از پایاننامهها و رسالههای دانشجویی شامل نبود سازوکار مشخص برای رصد و شناسایی تخلفات در حوزه مالکیت فکری، ناآشنایی با قوانین مالکیت فکری و ضعف جدی در مهارتها و توانمندیهای لازم برای ثبت، حفاظت و بهرهبرداری از نتایج پایاننامهها است.