آیت الله سید حسن مدرس در شب دهم آذر ۱۳۱۶ برابر با ۲۷ رمضان ۱۳۵۶ قمری به شهادت رسید و پیکر آن مرحوم را مخفیانه به خاک سپردند. قبر شهید مدرس پس از شهریور ۱۳۲۰ و خروج رضاخان از ایران، توسط اهالی کاشمر شناسایی و مشخص شد. حضرت امام خمینی(س) در پیامی که به مناسبت بازسازی مرقد شهید مدرس در تاریخ ۲۸ شهریور ۱۳۶۳ صادر کردند، آن شهید را به عنوان مجتهدی عظیم الشأن، متعهدی برومند و عالمی بزرگوار معرفی کردند که از اظهار حق و ابطال باطل دریغ نمی ورزید.