با حکم دادگاه مظفر ذوالقدر، خلیل طهماسبی و محمد واحدی و سید مجتبی نوابصفوی در بامداد ۲۷ دی ۱۳۳۴ به دست جوخه اعدام سپرده شدند و این اتفاق شوک و ضربه روحی سنگینی به محمدمهدی و بقیه اعضای جمعیت فداییان اسلام و هوادارانش وارد کرد به نحوی که حاج مهدی عراقی تا ماهها به زندگی مخفیانه روی آورد.