در مورد صلاحیت مراجع قضایی در رسیدگی به شکایات دانشگاه آزاد، ابهامات جدی وجود دارد
یک وحقوقدان گفت: ماهیت دانشگاه آزاد با توجه به ماده ۵ اساسنامه این نهاد از نظر حقوقی ناشناخته است و در قوانین و مقررات و دکترین های حقوقی، نهادی تحت عنوان نهاد غیر خصوصی و غیر دولتی که در توصیف این مجموعه در اساسنامه دانشگاه آزاد آمده تعریف نشده است، به همین دلیل در مورد صلاحیت مراجع قضایی اختصاصی در رسیدگی به شکایات و تظلمات و اعتراضات اشخاص حقیقی و حقوقی نسبت تصمیمات و اقدامات آن ابهام های جدی وجود دارد.