سالهای آغازین دفاع مقدس و دوران فرماندهی بنیصدر، با چالشها و برخوردهای نامناسبی نسبت به نیروهای انقلابی و سپاه همراه بود. در این میان، حضور پررنگ و همدلانه حضرت آیتالله العظمی خامنهای در خطوط مقدم و جلسات حساس، نقش مهمی در ایجاد آرامش و اتخاذ تصمیمات منطقی نظامی داشت.