از سال دوم دولت نهم، با تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی عنوان جدیدی به مجموعه نهاد ریاستجمهوری تحت عنوان معاون علمیوفناوری رئیسجمهور اضافه شد. رفتهرفته با روشنشدن مأموریتهای اختصاصی این نهاد و تفکیکشدن وظایفش از سایر وزارتخانهها بهویژه وزارت علوم، از سال ۱۳۸۷معاونت توسعه مدیریت و سرمایه انسانی رئیسجمهور چارت سازمانی معاونت علمیوفناوری رئیسجمهور را تصویب کرد و از آن پس بهعنوان نهادی ثابت ذیل ریاستجمهوری مشغول فعالیت است.