در اواخر عمر با پیامی به رهبری خطری مهم و جدی را اطلاع دادند

رهبر معظم انقلاب اسلامی، همواره مکانت عرفانی و سلوکی آیت‌الله العظمی بهجت را بزرگ می‌داشتند و در بسا موقعیت‌ها، مراوده با آن پیر معرفت را مغتنم و مؤثر می‌شمردند. از سوی دیگر آن دردانه دوران نیز با احترام کامل برای رهبری، در دیدار با ایشان از عوالم و حقایقی سخن به میان می‌آوردند که در دیدار با دیگر افراد از ذکر آنها خودداری می‌کردند. این امر برای مخالفان نظام اسلامی البته دشوار و گران می‌آمد