بیتردید نیلِ سریع به مراتب بالای علمی در حوزههای علمیه، ناشی از انگیزه فراوان و تلاش گسترده است که شهید خامنهای به تمامی از آن برخوردار بود. وی با پشتکار بسیار و نظارت جدی پدر، موفق شد ادوار مقدمات و سطح را در پنج سال و نیم به پایان ببرد و اسباب تعجب برخی استادان را فراهم سازد. وی در این مدت، کمتر روزی را به تعطیلی و توقف سپری میساخت و همواره به آموختن مشغول بود