میرباقری مسئله اثبات ولایت فقیه در ذهن و عالم نظر و فکر را نداشت بلکه بیش ازآن مسئله¬ش چگونگی امتداد ولایت فقیه در ساختارهای اجتماعی بود. چون عمیقا باورش داشت و دارد که ما فقط انقلاب سیاسی کرده¬ایم و در لایه فرهنگی به جد نیازمند بازسازی انقلابی ساختارهای فرهنگی هستیم و این حرف امروز او نیست و از میانه دهه هفتاد و از حدود یک ربع قرن پیش این مطالب را بیان می¬کرد.