محمدمهدی میرباقری طی دو دهه اخیر ریاست فرهنگستان علوم اسلامی قم (جریان آکادمی) را بر عهده داشته است. او رئیس جریان آکادمی نیز هست و پس از فوت سیدمنیرالدین حسینی، بنیانگذار فرهنگستان علوم اسلامی قم در سال ۱۳۷۹ صندلی ریاست این فرهنگستان به او داده شد. او تقریباً طی یک دهه اخیر در فضای سیاسی کشور نیز فعال شده است.