با توجه به اینکه شمخانی پیشتر تاکید کرده بود که مسئول پرونده هستهای است، بسیاری مطرح کردند که نهاد اطلاعرسانی دولت و سایت سازمان انرژی اتمی در سِمت علی شمخانی دچار اشتباه نشدهاند؛ بلکه تعمدی در کار بوده که ممکن است نشانه اختلاف بر سر مسئولیت این پرونده باشد