نوزادانی که دچار سندروم جنین الکلی شدهاند اغلب یکسری اختلال ظاهری در فک، حالت چشمها، کوچک بودن دور سر، وزن در زمان تولد کم است، در شکم مادر رشد تأخیر پیدا میکند. علاوه بر نمایه ظاهری جنین در رشد ممکن است دچار مشکل شود و در مراحل یادگیری، تکلم برای او مشکل ایجاد کند و با اختلال در رفتار و اختلال در انجام فعالیت روبهرو شود.