طرح «پزشکی خانواده و نظام ارجاع»، که به عنوان یک راهکار اساسی برای بهبود شرایط نظام سلامت کشور معرفی شده بود، در اولین مرحله اجرا با چالشهای جدی مواجه شد به طوریکه وزیر بهداشت، در نامهای به معاون رئیسجمهور و رئیس سازمان برنامه و بودجه، از عدم تخصیص اعتبار کافی برای اجرای این طرح انتقاد کرده و هشدار داده است که بدون پیشبینی ردیف اعتباری مستقل، اجرای آن غیرممکن خواهد بود. این در حالی است که رئیسجمهور و مسئولان دولتی همچنان بر اهمیت اجرای کامل این طرح تاکید دارند.