روند توسعه ناپایدار کشاورزی در بالادست تالابها ازجمله تالابهای «بختگان»، «ارومیه»، «جازموریان»، تعداد چاههای مجاز و غیرمجاز در حوضههای تالابی کشور، احداث بندها و سدهای متعدد روی رودخانههای ورودی و محدودیت منابع آبی و در یککلام عدم تأمین حداقل آب موردنیاز تالابها، موجب کمآبی و خشکی آنهاست. همچنین وضعیت منابع آب تالابی به دلیل ورود آلایندهها و کاهش کمیت آب به لحاظ کیفی نیز با چالش روبهرو شده است.