اندیشه سیاسی علامه نائینی مبتنی بر تشکیل حکومتی است که منطبق با مفاهیم دینی و منبعث از انتخاب مردم است

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در این دیدار، علامه نائینی را از استوانه‌های رفیع علمی و معنوی حوزه کهن نجف خواندند و در بیان ابعاد شخصیتی ایشان گفتند: از جنبه تخصصی، خصوصیت برجسته مرحوم نائینی، شاکله‌سازی در علم اصول بر مبنای نظم فکری و علمی و نوآوری‌های قوی و پر تعداد ایشان است.