با تشدید سیاستهای استرداد مهاجران افغانستانی در ایران، دسترسی این گروه به خدمات درمانی با چالشهای جدی مواجه شده است. متزلزل بودن جایگاه حقوقی و قانونی، فقدان یک دستورالعمل مشخص برای کادر درمان به منظور برخورد و مواجهه با بیماران افغانستانی و دخالت پلیس و مسئولان اداره اتباع استانداریها در فرآیند درمان از مشکلاتی است که درمان این گروه از مهاجران و پناهندگان را دچار مشکل کرده است.