دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان به همت والای استاد یوسف ثبوتی، استاد محمدرضا خواجهپور، و با همکاری بسیاری از محققان طراز اول کشور و با حمایتهای اهالی زنجان و خیرین دیگر نقاط کشور و کمک نهادهای ملی و بینالمللی، در سال ۱۳۷۱ با چندین استاد و جذب تعدادی دانشجو (کمتر از تعداد انگشتان دو دست) در حوزه علوم پایه تأسیس شد.