در پیام دفتر آیتاللهالعظمی سیستانی در پی انتخاب آیتالله سید مجتبی خامنهای به عنوان رهبر جمهوری اسلامی ایران آمده است: با گرامی داشت یاد رهبر فقید جمهوری اسلامی ایران حضرت آیة الله آقای خامنهای (رضوان الله علیه) امید میرود جانشین گرامی ایشان (حفظه الله تعالی) در خدمت به ملت بزرگ ایران ودفع شرّ بدخواهان و حفظ وحدت وانسجام ملی موفق و مؤید باشند.