حفاظت از اطلاعات مالی در نرمافزار حسابداری ابری به انتخاب یک سیستم امن، مدیریت درست دسترسی کاربران و رعایت اصول امنیتی توسط خود کسبوکار وابسته است. مواردی مثل رمز عبور قوی، احراز هویت دومرحلهای، پشتیبانگیری منظم، ثبت فعالیت کاربران و کنترل دستگاههای ورود نقش مهمی در کاهش ریسک دارند. در نهایت، امنیت واقعی زمانی شکل میگیرد که هم نرمافزار استاندارد باشد و هم استفاده کاربران از آن اصولی و کنترلشده انجام شود.