با روی کار آمدن قاجاریه آقا محمدخان تکیه حیاط شاهی را سروسامان داد. البته بسیاری معتقدند این تکیه قبل از او نیز پابرجا بوده است. بااین‌حال از دوران آقا محمدخان قاجار بیشتر مراسم‌های مذهبی دولتی از جمله تعزیه‌خوانی در این تکیه انجام می‌شد.