به هنگام شروع جنگ تحمیلی منفرد نیاکی فرماندهی لشکر ۸۸ زرهی زاهدان را بر عهده داشت و در بیستم فروردین ۱۳۶۰، فرماندهی لشکر ۹۲ زرهی اهواز به او واگذار شد.

زندگی‌نامه سرلشکر شهید مسعود منفرد نیاکی و خلبان شهید احمد کشوری برای گروه سنی کودک و نوجوان در قالب کتاب داستان منتشر شد.