این روستا در دامنه شمالی کوه های جنوب کهک و در منطقه ای سرسبز و حاصلخیز واقع شده است. این منطقه به جز آثار و سکونتگاه های باستانی فراوان که در سراسر منطقه دیده می شوند، از لحاظ بررسی های زمین شناسی و فسیل های چند میلیون ساله نیز غنی و ارزشمند است. این فسیل ها متعلق به انواع ماهی ها، صدف های دوکفه ای، مرجان ها، ستاره های دریایی و غیره هستند که برخی از آنها متعلق به دوران پالئوزوئیک است و حدود ۲۰۰ تا ۶۰۰ میلیون سال قدمت دارند.
کرمجگان روستایی با طبیعت بکر و دست نخورده در ناحیه کوهستانی قرار دارد. چندین قله با ارتفاع ۲ تا ۳ هزار متری این روستا را احاطه کرده اند که ارتفاع زیاد از سطح دریا و احاطه شدن توسط کوه ها و آب های زیر زمینی فراوان در این منطقه باعث سرسبزی و خوش آب و هوایی این منطقه شده است. آب و هوای این روستا معتدل کوهستانی و دارای چندین قنات آب و چندین چشمه سار است.
رودخانه دره باغ رودخانه ای فصلی به طول ۴۵ کیلومتر است که در طول مسیر از روستاهای مسیر کرمجگان، بیرهند، ابرجس، کهک، سیرو و ورجان عبور می کند. رود دره باغ از ریزابه های قم رود و حوزه آن دریاچه نمک قم است. شیب متوسط این رود ۵/۳ درصد و مسیر کلی آن شمالی است. این رودخانه از میان روستای کرمجگان می گذرد. کوه پلنگابی (پلنگ آبی) که ۳۱۵۴ متر ارتفاع دارد، در ۴۸ کیلومتری جنوب غربی قم و در ۸ کیلومتری جنوب باختری روستای کرمجگان واقع شده است. این کوه از شمال به مامو و از خاور به ارتفاعات غلیق متصل می شود. رودخانه های راونج، دره باغ و ازنا از این کوه سرچشمه می گیرند.
در شمال باختری روستا، چهارتاقی کرمجگان دیده میشود. این سازه بازمانده از دوره ساسانیان است. پوشش گیاهی روستا شامل انواع گیاهان دارویی از قبیل گل گاوزبان، شیرین بیان، گل ختمی، شاتره، خاکشیر، کاسنی و گون است. جانوران و پرندگان روستا شامل شغال، گرگ، روباه، خرگوش، کبک و تیهو، بزمجه، گرزه مار، شترمار و غیره است.
