بزرگترین مشکل شبکه ملی اطلاعات، ضعف در مفهوم و پذیرش عمومی است
با گذشت سالها از آغاز پروژه شبکه ملی اطلاعات، کارشناسان حوزه فناوری و ارتباطات معتقدند که بزرگترین چالش این شبکه، ابهام در هدف، ضعف در اجرا و پذیرش محدود توسط کاربران و بخش خصوصی است، لذا معاون جدید توسعه شبکه ملی اطلاعات وزارت ارتباطات با برگزاری جلسات با فعالان حوزه فاوا و نشست با تشکل های این حوزه به دنبال دریافت نظرات ذی نفعان این حوزه برای اصلاح مسیر در پیشبرد این پروژه ملی است.