از سال ۱۳۷۴، با دستور آیتالله خامنهای، فرمانده وقت کل قوا، محدوده ماموریتی دو نیروی دریایی ایران تفکیک و مشخص شد. بر این اساس، ارتش در دریای عمان، سواحل مکران، دریاهای بینالمللی و اقیانوسها حضور پیدا میکند و سپاه هم مسئولیت خلیجفارس، مأموریت حفاظت از جزایر، سواحل، فلات قاره، سکوهای نفتی و عبور و مرور در تنگه هرمز را بر عهده دارد.