بر اساس این حکم، مأموریت دبیر شورای دفاع، ایجاد و اداره دبیرخانه شورا و پیگیری برنامههای تخصصی آن شامل طراحی و تقویت همهجانبه آمادگیهای دفاعی، تدوین سازوکارهای مقابله با تهدیدات نوظهور، هم افزایی سایر ارکان قدرت جمهوری اسلامی با عرصه دفاعی، تنظیم چارچوبهای دیپلماسی دفاعی و ساماندهی فعالیتهای حوزه ارتباطات راهبردی و جنگ شناختی در حوزه راهبردی دفاعی است.