محمدجواد مشکور در سال ۱۲۹۷ در محله دباغ‌خانه سنگلج تهران به دنیا آمد. تبار او آذربایجانی و پیشینه خانوادگی‌اش حوزوی و مذهبی بود. جد پدری او، از علمای سابق بادکوبه، در دوران ناصرالدین‌شاه قاجار نایب امام‌جمعه تهران در مسجد شاه بود.