یکی از موانع مهم در مسیر نهادینه‌سازی رهبری پژوهشی اثربخش، چالش‌های نهادی و فرهنگی است: مقاومت سازمانی در برابر تغییر، لزوم نهادینه کردن فرهنگ داده‌محور، تمرکز بیش از حد بر کمیت مقالات به جای کیفیت و اثربخشی و ضعف مهارت‌های رهبری در مدیران پژوهشی از جمله عواملی هستند که تحول را کند کرده‌اند.