آیت الله العظمی حاج میرزا علی آقا فلسفی همواره جزو حامیان جدّی نهضت بزرگ امام راحل (ره) بودند و در تمامی راهپیمائی‌هائی که در سال۱۳۵۷ در مشهد برگزار و برخی از آن‌ها برپایه اعلامیه امضاء شده از سوی ایشان و برخی دیگر از بزرگان حوزهُ علمیهُ مشهد شکل می‌گرفت در صفّ اوّل حضور یافته و تا پایان ادامه می‌دادند.

یکی از فرزندان آقای طبسی، «علی‌آقا» که معمم است، نگرانی‌هایی از حوزه مشهد و دانشگاه رضوی و نیز وضع عمومی کشور ابراز کرد.