محمد فنایی اشکوری، استاد حوزه و دانشگاه به بررسی جنگ یا صلح پرداخته و ابعاد آن را از منظر فلسفی و تاریخی بررسی کرده است. او می نویسد: «حق نباید به ابزاری برای جنگ‌طلبی یا گسترش غیرضروری درگیری تبدیل شود. استقبال بی‌محابا از جنگ، حتی به نام دفاع، می‌تواند به همان اندازۀ تسلیم در برابر دشمن، مخرب باشد. …

پذیرش دین، نه بر اساس ملیت یا محل تولد، بلکه بر اساس معیارهای حق و باطل باید باشد. اگر دینی بر حق است، باید آن را پذیرفت، فارغ از این که خاستگاه آن در سرزمین ما باشد یا در آن سوی جهان.

محمد فنایی اشکوری در یادداشتی که در اختیار خبرنگار مهر قرار داده است به نقد دیدگاه آقای مصطفی ملکیان در الهیات قرآنی پرداخته است.

‌مهم‌ترین درسی که باید از منطق و فلسفه آموخت، فن برهان است و متأسفانه، بسیاری از کسانی که حتی سال‌ها به مطالعه منطق و فلسفه می‌پردازند، در عمل، ذهنی برهانی پیدا نمی‌کنند.