نکته مهم در زندگی آیتالله شبیری آن است که او شاگردان بسیاری داشت که از میان آنها چهرههایی سرشناس نیز حضور دارند؛ از جمله آیتالله سید مجتبی خامنهای، آیتالله سید مصطفی خامنهای، سید محمد خاتمی و سید حسن خمینی. آیتالله شبیری زنجانی سعی میکرد در عرصه سیاسی وارد نشود و به گفته بسیاری از فقها و شاگردانش، او میکوشید بیش از آنکه در عالم سیاست حضور داشته باشد، مسیر علمی و فقهایی خود را بپیماید اما دیدار او با سید محمد خاتمی -که از شاگردانش نیز بوده است- در سال 1397 باعث شد تا در مقطعی موجی از هجمههای سیاسی علیه او روانه شود؛
از جمله نامه معروفی که آیتالله محمد یزدی خطاب به آیتالله شبیری زنجانی نوشت و در بخشی از آن نامه نوشت: «یادآور میشوم مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است، پس لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمایید این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد. انشاءالله». در همان زمان این نامه واکنشهای زیادی را برانگیخت؛ از جمله آنکه محمد عندلیب همدانی از ادامه عضویت در جامعه مدرسین حوزه علمیه قم استعفا داد و خطاب به محمد یزدی نوشت: «به این نتیجه قطعی رسیدم که تفسیر من از استقلال حوزه و جایگاه رفیع مرجعیت با دیدگاه جنابعالی و همفکران شما در جامعه محترم مدرسین هیچگونه هماهنگی ندارد و عملا امکان همکاری وجود ندارد و لذا از ادامه عضویت در آن جامعه معذورم».
…
