آنچه هنوز مانند کلافی سردرگم مانده، سرنوشت او بعد از ورود به کشور قذافی است. معمر قذافی که سال ۲۰۱۱ توسط انقلابیون لیبی دستگیر و زجرکش شد، هیچ وقت درباره سرنوشت صدر صحبتی نکرد و در آخر عمر خود هم فرصتی برای این کار نداشت. ۹ شهریور ۵۷، سیدموسی صدر برای آخرین بار دیده شد.